Po wyzwoleniu już w marcu 1945 roku przybywa do Piły z Krakowa wspomniany już o. Jerzy Rumak i w porozumieniu z miejscowymi władzami, przejmuje świątynię wraz z terenem przyległym i przywraca jej pierwotny sakralny wygląd organizując w zniszczonej działaniami wojennymi Pile początki życia religijnego nielicznych jeszcze mieszkańców, niemal od podstaw. Następne lata, to ciągły rozwój parafii i działalności duszpasterskiej prowadzonej w trudnych warunkach materialnych i bytowych przez ojców franciszkanów. Przy parafii powstają pierwsze zgromadzenia charytatywne i grupy modlitewne skupiające znaczną, stale rosnącą liczbę aktywnych parafian. I tak, już w styczniu 1946 roku powstaje, z inicjatywy o. Rumaka grupa Żywego Różańca a w marcu grupa charytatywna Caritas. W późniejszym czasie, rozpoczyna swoją działalność Ognisko Samarytańskie dla chorych oraz parafialne przedszkole.

Jednocześnie ojcowie kapucyni rozpoczynają naukę religii w pierwszych pilskich szkołach. Za zgodą miejscowych władz, franciszkanie przejmują pobliski częściowo zniszczony kościół ewangelicki z przylegającym doń budynkiem tzw. pastorówką i po nadaniu mu 15 maja 1947 roku Św. Stanisława Kostki, oraz po przeprowadzeniu wstępnych prac remontowo – modernizacyjnych włączają go do parafii, wyznaczając mu rolę pomocniczego kościoła szkolnego dla dzieci i młodzieży. Również gmach kościoła Św. Antoniego przechodzi kolejne zmiany modernizacyjne.

Wybudowana zostaje nowa obszerna plebania Domu Zakonnego oraz stylowe krużganki wraz z dziedzińcem, tworzące w całości ciekawy architektonicznie kompleks zabudowy klasztornej. W późniejszym czasie wzniesiono budynek mieszczący salki katechetyczne, bibliotekę parafialną oraz młodzieżową kawiarenkę – wieczernik. Na tyłach zaś kompleksu zostaje założony ogród – miejsce odpoczynku i wyciszenia zakonników. Zadbano także o podstawowe wyposażenie świątyni, niezbędne do wykonywania posług kapłańskich, takie jak - naczynia i szaty liturgiczne, sztandary, umeblowanie, wizerunki świętych itp. Dbały o to szczególnie, powołane do pomocy duszpasterskiej w roku 1946 niestrudzone siostry zakonne Służebnice Najświętszej Marii Panny z prowincji Śląskiej z Poręby służące także obecnie.

Ostatnie lata działalności duszpastersko – charytatywnej parafii, to przede wszystkim uczestnictwo wiernych w licznych i prężnie działających grupach i zgromadzeniach przykościelnych. Jednym z kluczowych zadań jakie Bracia Mniejsi Kapucyni realizowali od momentu zaistnienia parafii, a ze szczególnym oddaniem realizują w ostatnich latach, jest kompleksowa pomoc ludziom ubogim, starym, chorym oraz rodzinom patologicznym, wielodzietnym i osobom z tzw. marginesu społecznego. W tym celu, przejęto w 1993 roku znajdujący się w pobliżu kościoła budynek byłego przedszkola w którym po przekształceniu go w tzw. Przytulisko p.w. Św. Franciszka z Asyżu, Kapucyni najpierw z pomocą oddanych członków Franciszkańskiego Zakonu Świeckich a następnie parafialnego Caritasu udzielają pomocy potrzebującym. Dziennie wydawanych jest w przytulisku około 270 – 300 obiadów, organizuje się liczne zbiórki i akcje charytatywne a 15-ego dnia każdego miesiąca wydawane są artykuły spożywcze dla najuboższych. To wzniosłe i szlachetne zadanie ludzi o wielkich sercach, nieobojętnych na ludzkie cierpienie, jest chyba obok innych zadań najbardziej charakterystycznym znakiem pełnego rozwoju i ewolucji parafii jednoczącej ludzi wyznających wiarę w Boga i miłość do bliźniego. Osiągnięcia parafii p. w. Św. Antoniego na wielu płaszczyznach działalności duszpastersko-charytatywnej zostały dostrzeżone przez miejscowe władze, które 4 marca 1993 roku przyznały parafii – „Medal 480 lat istnienia miasta” – jako wyraz uznania za wkład Braci Mniejszych Kapucynów w jego rozwój.